Dal 2003 ospita le ricche collezioni civiche e la straordinaria donazione di Milena Milani.

L’atrio della città. Il prestigioso palazzo, provvisto di grande atrio, ampio scalone e sale eleganti, è realizzato su precedenti strutture medievali e poi trasformato alla fine del Cinquecento secondo il nuovo impianto rinascimentale. Nel Settecento la famiglia Gavotti lo dona all’Opera Pia di Nostra Signora di Misericordia per ospitarvi personaggi illustri in visita al Santuario di Savona. I successivi interventi nell’Ottocento ne modificano l’impianto articolando diversamente gli spazi, che tra il 1861 ed il 1934 ospiteranno il Municipio di Savona. Nello stesso periodo, il fronte principale viene ribaltato su Piazza Chabrol con l’introduzione di una facciata neomanierista e si apre il nuovo passaggio tra Via Pia e la piazza, trasformando l’atrio in un porticato, al fine di raccordare il nucleo medievale del centro storico ai nuovi quartieri cittadini. Dopo un primo breve passaggio della collezione della Pinacoteca, ospitata dal palazzo nel 1939 e subito trasferita a causa della guerra, Palazzo Gavotti diventerà fino al 1985 la sede della Biblioteca Civica. Dal 2003 torna a ospitare le collezioni della Pinacoteca Civica di Savona.

Dal 2014 le ricche collezioni ceramiche di proprietà del comune sono state allestite nell’adiacente Palazzo del Monte di Pietà, sede del Museo della Ceramica.