Il notevole impulso dato all’arte figurativa dai due papi della Rovere, Sisto IV e Giulio II, tra la fine del Quattrocento e gli inizi del secolo successivo, contribuisce all’aggiornamento dell’edilizia savonese secondo i canoni rinascimentali. Il conseguente sviluppo della decorazione plastica comporta l’inserimento di ricchi portali di ingresso, in marmo o in ardesia, spesso decorati da bassorilievi figurati.
Fra i sovrapporta a tema religioso compaiono frequentemente rilievi con l’Annunciazione, realizzati da maestranze di formazione lombarda, come quello in ardesia collocato nel loggiato sopra l’ingresso della biglietteria della Pinacoteca, proveniente dal distrutto palazzo Cuneo.
Si segnala poi nell’atrio il bassorilievo marmoreo raffigurante San Giorgio e il drago, tema più frequentemente rappresentato nei sovrapporta genovesi data la profonda devozione al santo in città e proveniente dall’arco di accesso alla Fortezza del Priamàr tramite il ponte di S. Giorgio, costruito in muratura tra il 1774 e il 1775 in sostituzione del più antico in legname.

La cultura figurativa del tardo Medioevo a Savona è documentata da alcuni capolavori trecenteschi conservati al museo. Le fonti storiche confermano la rilevanza politica ed economica della città nel Medioevo, ma sono rare le opere sopravvissute che permettano di ricostruire le coeve vicende artistiche. Dal 1528, infatti, a seguito di un conflitto, la Repubblica di Genova strappa a Savona il controllo della cittadella sul Priamàr, la rade al suolo per costruire un’imponente fortezza, cancellando in poco tempo la presenza di alcuni edifici religiosi e le preziose testimonianze artistiche in essi conservate.

All’interno del percorso del Museo, la Crocifissione di Donato de’ Bardi, si presenta come “mostra di una sola opera” per sollecitare, non solo l’attenzione e la curiosità ma, anche, emozioni e suggestioni provocate da questo capolavoro assoluto. Il particolare allestimento della grande tela offre al visitatore un’esperienza particolarmente intima con l’opera, invitandolo a riflettere su un unico e selezionatissimo dipinto.

Il Quattrocento coincide con uno dei periodi di più intensa vitalità per Savona.
L’ascesa al soglio pontificio del savonese Francesco della Rovere, con il nome di Sisto IV, e successivamente quella del nipote Giuliano della Rovere, Giulio II, segna l’inizio di un’irripetibile stagione di mecenatismo, che coinvolge l’intera comunità. Il fervente clima culturale, richiama a Savona gli artisti più importanti presenti in Liguria, come Vincenzo Foppa, Giovanni Mazone, Ludovico Brea e Lorenzo Fasolo, rappresentati al museo da una straordinaria varietà di tavole ancora conservate all’interno delle loro maestose cornici dorate originali.

La pittura ligure tra Seicento e inizio Settecento è rappresentata dalle opere di celebri pittori genovesi quali Giovanni Battista Carlone, Luciano Borzone, Valerio Castello e Domenico Piola.

Savonese di nascita è invece Bartolomeo Guidobono, tra più importanti interpreti della pittura tardo barocca ligure, la cui Annunciazione presente in Pinacoteca costituisce una delle poche attestazioni della sua attività per la sua città natale. I suoi inizi sono da collocare presso la bottega del padre a Savona come decoratore di maioliche: attività dimostrata da molte opere ceramiche attribuitegli nonché da testimonianze che lo ricordano quale artista ricercato e apprezzato per lavori di questo tipo. Al mestiere di tradizione familiare affiancò ben presto l’attività di pittore, ricevendo numerose commissioni da parte dell’aristocrazia genovese e ricoprendo a Torino l’incarico di pittore di corte.

Le opere dei pittori Agostino e Carlo Giuseppe Ratti rappresentano l’arte del Settecento a Savona.
Pittore, incisore e ceramista Giovanni Agostino Ratti dopo la formazione romana diventa una delle personalità di spicco all’interno della neo nata Accademia ligustica, promossa dal patriziato illuminato, in particolare i Durazzo per i quali Agostino eseguirà gli affreschi nella villa di Albissola (oggi villa Farraggiana). La sua attività costituirà un ponte tra il linguaggio tardo barocco locale e le successive esperienze neoclassiche maturate dal figlio, Carlo Giuseppe Ratti, biografo degli artisti genovesi, e intellettuale del Secolo dei Lumi.

L’Ottocento è rappresentato dalle opere di Giuseppe Frascheri, il più consapevole rappresentante del Romanticismo storico-letterario in Liguria, in dipinti di spiccata intonazione lirica e patetica, in scene in costume e ritratti, e del genovese Nicolò Barabino.

La collezione storica della pinacoteca si interrompeva con le opere dell’Ottocento: a partire dagli anni 2000 si è arricchita di donazioni e depositi di opere d’arte del Novecento. Oltre all’importantissimo lascito di Milena Milani attraverso la Fondazione in memoria di Carlo Cardazzo, hanno notevolmente arricchito il percorso museale le opere della Fondazione de Mari di artisti quali Emilio Scanavino, Agenore Fabbri e Sabatelli e la raccolta donata da Egidio Ercoli con pittori fra Realismo magico, Metafisica e Novecento (Alberto Helios Gagliardo, De Chirico, Savinio e Sironi).
Per un altro significativo nucleo di arte del Novecento bisogna spostarsi al Priamar dove all’interno del Palazzo della Loggia sono ospitate all’ultimo piano la collezione appartenuta al Presidente della Repubblica Sandro Pertini e quella della scultrice savonese Renata Cuneo di cui un grande bronzo si trova anche nell’atrio della Pinacoteca.