Il museo viene costituito soltanto nel 1868 quando il Ministero della Pubblica Istruzione impone al Comune “di metter su un museo” che raccolga le opere degli ordini religiosi soppressi dalle leggi del 1864. A una iniziale sistemazione in alcune sale dell’Ospedale San Paolo di Savona delle prime opere, suddivise in due sezioni di pittura e di scultura aperte al pubblico nel 1880, segue un periodo di chiusura a partire dal 1888 a causa delle nuove esigenze sanitarie.
In questo periodo, grazie all’opera di Domenico Buscaglia e Vittorio Poggi, la collezione viene ordinata per il nuovo allestimento, inaugurato nel 1901 all’ultimo piano di Palazzo Pozzobonello, ex convento dei Padri Missionari, dove già si trovava il Museo di Storia naturale. Il primo nucleo della raccolta si arricchisce nel corso del Novecento grazie a donazioni, acquisizioni e lasciti.
Nel 1939, per motivi di tutela a causa delle inadeguate condizioni ambientali e per carenza di spazi, la Pinacoteca si trasferisce a Palazzo Gavotti, ma presto viene rimossa per sottrarla al pericolo dei bombardamenti della seconda guerra mondiale. Le opere vengono ospitate prima nel Santuario della Pace ad Albisola Superiore, poi presso l’Abbazia di Tiglieto e, infine, all’Isola Bella sul Lago Maggiore. Al termine del conflitto, queste rientrano a Savona, ma rimangono a lungo imballate poiché Palazzo Gavotti risulta già occupato e mancano altri spazi disponibili.
Renzo Aiolfi e Pasquale Rotondi ne curano il riordino nuovamente a Palazzo Pozzobonello, con un allestimento inaugurato nel 1962, definito provvisorio, ma purtroppo mantenuto per oltre un trentennio. Nel 1978, negli stessi ambienti, viene allestita una Sala dedicata alla locale produzione ceramica.
Nel 1996, a causa delle ormai improrogabili esigenze di conservazione, la Pinacoteca viene collocata provvisoriamente nel Palazzo della Loggia, all’interno della Fortezza del Priamàr e solo nel 2003 trova finalmente la sua sede definitiva in Palazzo Gavotti, nel cuore della città, al centro di un itinerario di visita che comprende la cattedrale, gli oratori e i palazzi del centro storico.
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